אחרי ויכוחים רבים, חוסר שביעות גדולה והרבה חוסר ודאות, הוקמה בסופו של דבר קבוצת מועדון ספורט אשדוד, או בשמה המקוצר מ.ס. אשדוד בתחילת עונת 1999-2000.
רבים חשבו שזהו סופו של הכדורגל באשדוד, שאף אחד לא יתחבר לקבוצה המאוחדת, בעיקר לאור היריבויות הגדולות בין עירוני אשדוד המצליחה, להפועל אשדוד עם קהל האוהדים הגדול שלה. בתחילת הדרך זה דווקא הצליח, אחרי שבהופעת הבכורה שלה, הביסה מ.ס. אשדוד( אז בתלבושת הכחול לבן) בתוצאה המדהימה 0-6 את מכבי נתניה, כשהיא מלווה באלפי אוהדיה באיצטדיון בהרצליה.
לאחר אותו משחק, התעוררו אוהדים רבים, והחלו להגיע בכמויות שמעטים באשדוד האמינו שיגיעו לאור האיחוד. קרוב ל-2000 אוהדים ליוו את מ.ס. במשחק החוץ הבא, בכפר סבא מול הפועל המקומית במשחק שהסתיים בתיקו 1-1.
ההמשך הידוע היה חלש מאוד, הקבוצה הדרדרה בעידן ניסים בכר עד לתחתית, עד שהמאמן הוותיק נאלץ להתפטר בשל קריאות האוהדים. מירו בן שמעון האשדודי תפס את מקומו אבל התוצאות הרעות המשיכו והקבוצה ניצלה ממש ברגע האחרון מירידה לליגה השניה.
לאורך השנים התחלפה לה (שוב) התלבושת של הקבוצה, והפכה לצבעים האדום-צהוב. הקהל, שבתחילת הדרך התלהב מהאיחוד, פתאום עשה כמה צעדים אחורה בעקבות שרשרת האכזבות והיציעים נראו שוממים מתמיד.
בעונת 2003-2004, החליט הבוס ג'קי בן זקן להסתער על שוק העברות, לפתוח את הכיס ולהפוך את הקבוצה שלו לקבוצת כוכבים, גם בשל הרצון להצליח ולזכות סוף סוף בתארים, אבל בעיקר כדי לגרום לקהל האוהדים הגדול לחזור ליציעים. אפילו חיים רביבו הגדול, השחקן הגדול ביותר בכדורגל הישראלי מאז ומעולם, ואחרי קריירה אירופאית מפוארת שכללה אף השתתפות בליגת האלופות, הגיע כדי להדליק את האוהדים ולגרום להם לחזור ליציעים בהמוניהם. האוהדים אמנם הגיעו, ואשדוד שברה את שיא המנויים שלה, כשמכרה קרוב ל-3000 מנויים, אך ממוצע הצופים לא עבר את ה-4000, כמות שבן זקן ורביבו לא הסתפקו ויצאו מאוכזבים למדי. מלבד חיים רביבו, גם יוסי אבוקסיס, ראדק מיידן, אילן בכר, אסי דומב, שוקי נגר ולאיוש טרייאק הגיעו, וזאת בנוסף למה שבקבוצה כבר היה - אלון חזן, שי הולצמן, דוד רביבו ואחרים.
רביבו פרש לאחר המשחק נגד בני יהודה בשכונת התקווה, כשהוא כובש 6 שערים ובישל כמות דומה. הקבוצה הדרדרה לתחתית, כשבן זקן המשיך לפתוח את הכיס וצירף את בלסינג קאקו ואיציק זוהר. אשדוד נשארה בליגה, ואף הגיעה לחצי גמר גביע המדינה, שם הפסידה בצורה כואבת 1-0 לבני סכנין.
עונה אחר כך, ושקט מופתי כפי שהיה בקיץ 2004, לא זכור בקבוצה. כל ה"כוכבים" עזבו, ויוסי מזרחי צירף רכש ישראלי וזר די צנוע, שהפך לאטרקטיבי במיוחד והוביל את הקבוצה עד למקום השלישי ולגביע אופ"א - שיא מועדון.
בשנים הבאות מ.ס. אשדוד חזרה לדשדש בתחתית ובאמצע הטבלה, ולא עשתה מעבר לזה. גם הקהל לא בדיוק מלווה בכמויות את הקבוצה, שמשוועת כבר לתואר היסטורי בשנים הקרובות.
בעונת 07-08 נאבקה הקבוצה כנגד הירידה ונשארה במחזור האחרון בזכות נצחון בבית על מכבי חיפה לעיני אצטדיון מלא כמעט לגמרי באוהדי אשדוד נלהבים שעודדו את הקבוצה והשאירו אותה בליגה.